O seu irmão, Lincoln Burrows, está no corredor da morte e será executado em alguns meses, após ser condenado por um assassinato que Michael está convencido que Lincoln não cometeu. Sem outras opções e com o tempo a diminuir, Michael assalta um banco para ser preso e levado para a penitenciária estadual Fox River, o mesmo local onde seu irmão está a cumprir pena.
Uma vez lá dentro, Michael — um engenheiro civil com as plantas da prisão tatuadas no corpo — começa a executar um elaborado plano para libertar Lincoln e provar sua inocência.
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